مجید توکلی و حسین رونقی،از جمله فعالانی هستند که اعلام کرده‌اند که با تلاش برای دسترسی غیرمجاز به حساب کاربری‌شان در سیگنال مواجه شده‌اند. کانال صنفی معلمان هم خبر داده که سیگنال بعضی از فعالان این صنف از دسترس خارج شده است.
به گفته پژوهشگران حوزه امنیت آنلاین، اپ سیگنال با امکاناتی که در اختیار کاربر قرار می‌دهد، یکی از امن‌ترین پیام‌رسان‌های موجود در بازار است.امیر رشیدی،به کاربران توصیه کرده که برای ایجاد حداکثر امنیت در سیگنال، «رمز (پین) داشته باشید و گزینه تغییر سیم‌کارت را مسدود کنید»
به گفته سیگنال با ساختن پین و فعال کردن گزینه Registration Lock حتی اگر افرادی به سیم‌کارت شما دسترسی ویژه پیدا کنند، نمی‌توانند وارد برنامه شوند. هم‌زمان بعضی از فعالان هشدار می‌دهند که این تلاش‌ها ممکن است برای ایجاد نگرانی کاذب با هدف ترغیب کاربران به استفاده از اپ‌های ناامن از سوی نهادهای امنیتی و اطلاعاتی جمهوری اسلامی باشد.